本分署於日治時代為『治水事務所』專辦地區之治水事宜，旋因發生第二次世界大戰致使業務幾乎停頓，直至民國三十四年八月台灣光復於接收該事務所成立『水利局新竹工程處』，民國四十六年三月改名稱為『台灣省水利局第二工程處』，治理新苗地區兩條主要河川（含堤防、護岸新建、歲修、養護）與五條次要河川（堤防、護岸、新建）及新苗三縣市沿海海堤之整件與養護業務，另尚辦理轄區水文觀測及河海堤管理等業務。至民國八十七年元月二十三日再因應政府再造調整組織並改制成立『台灣省第二河川局』，而於民國八十八年七月一日，因應精省作業，改隸經濟部水利處成立『經濟部水利處第二河川局』。嗣於民國九十一年三月二十八日在辦理機關改制，機關名稱變更為『經濟部水利署第二河川局』。另於民國一一二年九月二十六日因應組織改造，機關名稱變更為『經濟部水利署第二河川分署』至今。