組織現況：
本局現行組織及編制，係依據“經濟部水利署各河川局組織規程”規定，辦理機關改制，奉核定於九十一年三月二十八日成立，設 4 課 4 室，分別為；規劃課、工務課、管理課、資產課、秘書室、主計室、人事室、政風室。編制職員 58 人，計置局長、副局長、秘書各 1 人；課長4人(內 3 人由正工程司兼任)；主計主任 1 人；主任 2 人(人事、政風)；正工程司 12 人；副工程司 15 人；工程員 17 人；課員 6 人；辦事員 1 人；書記 0 人。另為應業務需要，現僱有河川駐衛警察隊員 8 人、約僱巡防員3人；工友 16 人(技術工友 10 人、駕駛 3 人、普通工友 3 人)。 為配合組織再造員額精簡政策、勞力替代方案及業務委託或外包辦理等措施，上述員額依照規定比例精簡或列管出缺不補。
本局目前組織系統表如下：
工務課：
1.年度工程計劃之執行
2.工程招標發包事項之執行
3.工程契約書之處理
4.工程施工經費之處理
5.工程施工監工
6.施工期中災害考核
7.混凝土及土方工程之研究試驗考核及施工控制
8.工程督導考核
9.工程驗收
10.工程決算
11.勞工安全衛生及施工環境保護
12.工程技術之研究及改進
13.補助各縣市縣管河川及區域性排水維護工程
14.防汛工作
15.工務行政
16.防汛材料及倉庫之管理。
管理課：
1.河川管理及海堤管理
2.中央管河川申請使用河川公地案件
3.中央管河川申請砂石採取使用河川地案件
4.中央管河川一般申請案件
5.中央管河川區域違法案件處理
6.防汛宣導
規劃課：
掌理水文及規劃基本資料之測驗、調查、資料統計、分析、管理及河川、排水、海堤治理計劃之規劃等事項，屬經常性業務工作者，資分述如次：
1.水文測驗與管理：流量測驗、雨量觀測、含砂量採樣試驗、地下水井及其他分析、管理等。
2.全程洪水流量測驗：颱風豪雨之全程守測及成果分析檢討。
3.河川、海岸等專案規劃業務及有關申請案件。
4.水文資料之彙整，電腦建檔列印管理及編製月報表、年報表。
5.水文儀器之檢查，維護與管理。
6.推展課務及檔案整理維管臨時交辦業務等。
7.水情資料之蒐集，遠端傳輸與登錄（附轄區水文測站表）：
‧平時每日AM九時之水文（含雨量、河川水位）資料於上午九時前以電腦遠端傳輸至水利處水情中心。
‧颱洪、豪雨期間除派員進駐緊急應變小組輪流值日外，並需辦理全程洪水流量及輸砂量測驗，撰寫報告。
資產課：
1.水利工程用地調查、徵收、價購。
2.公有土地撥用。
3.河川浮覆地之管理。
4.水利用地之管理。
5.國有土地清查。
6.資訊業務之規劃管理。
7.資通安全維護管理。
秘書室：
1.文書管理
2.檔案處理
3.施政計劃及重要工作執行與成效之檢討
4.交付檢核重要案件之查催
5.公文登記查詢作業規劃及檢查
6.公文處理人員考核獎懲
7.出納管理
8.財產管理
9.辦公處所管理
10.環境管理
主計室：
1.預算
2.內部稽核及年度預算之執行
3.決算
4.會計帳務處理及其他
人事室：
1.關於本機關有關人事規章之擬訂事項
2.關於本機關職員送請銓敘案件之查催及擬議事項
3.關於本機關職員考勤之紀錄及訓練之籌辦事項
4.關於本機關職員考績考懲之籌辦事項
5.關於本機關職員撫卹之簽擬及福利之規劃事項
6.關於本機關職員任免、遷調、獎懲及其他登記事項
7.關於本機關職員俸級之簽擬事項
8.關於本機關需用人員依法舉行考試之建議事項
9.關於本機關人事管理之建議及改進事項
10.關於所屬機關有關人事案件之依法核辦事項
11.關於人事調查統計資料之蒐集事項
12.關於銓敘機關交辦事項
政風室：
1.政風法令之擬定。
2.政風法令宣導。
3.機關員工貪瀆不法之預防、發掘及處理檢舉事項。
4.政風興革建議事項。
5.公務機密維護事項。
6.機關設施安全維護。